El actual jugador de Unión Española es pieza clave del equipo dirigido por Cesar Bravo, donde lleva anotados 25 goles en 41 partidos disputados.
Comenzó su carrera en su departamento natal, Salto, donde pasó por el Chaná de Salto y luego emigró a Peñarol en 2008. Hizo su debut en el mirasol en 2009 y para la temporada 2011 se marchó cedido a Central Español. En el conjunto entonces dirigido por Daniel Sánchez convirtió 15 goles en el Torneo Clausura, finalizando como goleador del certamen.
Tras su buen pasaje en el equipo palemitano, volvió a Peñarol para disputar el Torneo Apertura 2011. Debido a su poca participación, volvió a salir cedido pero, esta vez, con destino a la vecina orilla. Llegó en enero de 2012 al Atlético Tucumán a disputar la Primera B Nacional pero tampoco pudo dejar su marca goleadora (dos goles en 18 partidos). Al volver al aurinegro en 2013 sale cedido a El Tanque Sisley donde disputa Copa Sudamericana y goza de minutos pero que no devuelve con goles (apenas dos en 24 encuentros). A comienzos de 2014 hace las valijas con destino a Ecuador, precisamente al Olmedo, donde hizo nueve goles en 40 partidos.
Vuelve el Chorri de Central
Sin tener lugar en Peñarol, Cristian Palacios recaló a préstamo en Juventud de las Piedras a comienzos del 2015. En el Torneo Clausura, se despachó con 13 goles en 14 partidos con el equipo pedrense finalizando en la quinta posición. Se destaca de este paso su hat-trick ante Rampla Juniors y su doblete en la goleada 5-0 a Defensor Sporting.
En su regreso a Peñarol vive su primera temporada completa en el conjunto mirasol, a las órdenes de Pablo Bengoechea. Con el “Profe”, apenas pudo lucirse por la falta de minutos y convirtió solo cinco goles en 22 partidos. Aún así, levantó su segundo título de Campeón Uruguayo con Peñarol. Tras campeonar con el manya, vuelve a cruzar el charco, ahora con destino a Temperley. Llegó en julio de 2016 y se fue en diciembre, sin pena ni gloria.
Llegada a Wanderers y su tercer Premio Goleador
En enero de 2017 llegó al Montevideo Wanderers, también a préstamo de Peñarol tras su paso en Argentina. De la mano de Jorge Giordano, marcó 15 goles en 14 partidos en el Torneo Apertura y otros cuatro goles en seis partidos del Intermedio. Tras este gran paso, regresa inmediatamente a Peñarol por pedido de Leonardo Ramos. En el Clausura de ese año, registró 10 goles en 10 partidos donde terminó siendo campeón con 42 puntos de 45 posibles. Ya en las finales, derrotaron a Defensor Sporting y se consagraría por tercera vez en su carrera como Campeón Uruguayo.
Tras obtener el titúlo de Campeón Uruguayo y el de máximo goleador del certamen (29 goles en 32 partidos) disputó el Apertura 2018 y el Intermedio 2018, realizando cuatro y ocho goles respectivamente. Sin embargo, Cristian Palacios abandonó Peñarol en calidad de libre y fichó por el Puebla de Mexico a mediados de 2018. En tierras mexicanas anotó dos goles en 14 partidos y terminaría rescindiendo su contrato para llegar al Unión Española. Se llegó a tantear un posible regreso a Peñarol pero actualmente, entre el buen momento del mirasol y del propio jugador, por ahora, está postergado.